中国科学院上海巴斯德研究所（以下简称上海巴斯德所）于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月开始运行，2007年7月23日获中央机构编制委员会办公室批复，是中科院与法国巴斯德研究所唯一整建制从事人类传染性疾病基础研究和相关技术应用的综合性研究机构。2020年1月2日，中国科学院党组将上海巴斯德所正式纳入直属事业单位的管理序列。 上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题，推动热带病病原学、免疫学和疫苗学知识创新与学科发展。以解决病原发现、生物治疗（抗体、疫苗等）共性瓶颈技术问题为着力点，重点为健康中国、健康上海提供科技支撑和解决方案。以创新国际合作机制为契机，建设标杆式的国际化研究所，为“一带一路”提供技术支撑与保障。上海巴斯德所现设有生物学、基础医学2个专业一级学科博士研究生培养点，细胞生物学、微生物学、免疫学、病原生物学、生物与医药5个专业二级学科硕士研究生培养点。 上海巴斯德所下设中科院分子病毒与分子免疫重点实验室,微生物、发育与健康研究中心等学术单元，是首批“国家级国际联合研究中心”之一。另设1个公共技术服务平台、6个行政管理部门，包括：研究所办公室、党委办公室（纪监审办公室）、科技发展与合作处、人事教育处（下设研究生工作办公室）、财务与资产处、综合管理处。 　　截至2020年12月31日，研究所共有在职职工151人，博士后47人（含广上联培博士后36人）。研究所设有生物学、基础医学2个专业一级学科博士研究生培养点，细胞生物学、微生物学、免疫学、病原生物学、生物与医药5个专业二级学科硕士研究生培养点，共有各类硕博研究生196人。 欢迎广大有志于从事生物学、流行病毒学、免疫学、疫苗学、生物工程研究的青年学子来上海巴斯德研究所深造，本所将为人才成长提供一流师资和科研学习条件。