研究所面向国际干旱区生态与环境领域科技前沿，面向国家丝绸之路经济带建设重大需求，面向新疆社会稳定与长治久安总目标，围绕干旱区自然资源开发、生态修复、环境治理、生物多样性保育和区域可持续发展等重大问题，重点开展丝绸之路经济带生态、环境监测和评估、区域水资源利用与生态安全、新疆及中亚矿产探测与环境治理、干旱区战略生物资源可持续利用、新疆农牧民增收和区域发展等研究，创新干旱区自然地理学、荒漠恢复生态学、绿洲农业生态学的理论和方法体系，在亚洲中部干旱区生态与环境领域发挥不可替代的骨干和引领作用。 研究所现有6个博士点、10个硕士点（8个学术型，2个专业型）和3个博士后流动站，在所研究生474人，其中博士生207人，硕士生208人,留学生59人。建有荒漠与绿洲生态国家重点实验室、中科院干旱区生物地理与生物资源重点实验室、国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心；中科院-新疆维吾尔自治区政府共建中科院新疆矿产资源研究中心。在国内建有12个野外台站（其中3个为国家级野外站），另有分析测试中心、文献信息中心、标本馆等科研支撑平台。国际科研平台建设方面，建有中国科学院中亚生态与环境研究中心、中美国际干旱区生态研究中心、中日干旱区生态研究中心、中国-比利时地理信息联合实验室、东非自然资源与环境研究中心、中德干旱区生态系统管理与环境变化联合研究中心等。 2021年计划招收学术型硕士研究生54人，招收资源与环境、生物与医药的全日制专业学位硕士研究生16名。招收的学术型和专业学位硕士研究生在学期间享受奖助学金、学业奖学金和野外补助等待遇。